Решение комиссии ГУ МВД России по городу Москве о признании иностранного гражданина или лица без гражданства носителем русского языка выносится на основании сведений и документов, предоставленных заявителем.
Поскольку в заявлении о признании носителем русского языка вы не сообщили, что изменили фамилию, такую информацию внести нельзя.
Необходимо более детально изучить все обстоятельства дела. Можно попробовать урегулировать данный вопрос в административном судебном порядке.